Премьер-министр Михаил Мишустин назначил Марию Маркелову заместителем министра сельского хозяйства. С ноября 2023 года по сентябрь 2024-го она занимала должность советника министра сельского хозяйства, затем возглавляла департамент аппарата министра в агроведомстве. До перехода в Минсельхоз Маркелова занимала различные должности в Федеральной таможенной службе и Россельхозбанке.