Наблюдательный совет ФРП возглавил министр промышленности и торговли России Антон Алиханов. Ранее этот пост занимал первый вице-премьер РФ Денис Мантуров. Наблюдательный совет – высший орган управления Фондом, принимающий стратегические решения о его деятельности. Именно он вносит изменения в условия финансирования промышленных проектов по программам ФРП – уменьшение процентной ставки или срока займа, утверждение перечней продукции или оборудования и т.п.